В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК.
Эффективный полимеразный рибозим подкрепил гипотезу мира РНК
Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории раскрывают новые доказательства гипотезы РНК-мира, согласно которой первые репликаторы на Земле были РНК-молекулами. Гипотеза мира РНК — Структура рибозима — молекулы РНК, выполняющей функцию катализа Мир РНК — гипотетический этап возникновения жизни на Земле, когда как функцию хранения генетической информации. Так возникла гипотеза «РНК-мира». Ученым из США удалось получить ее первое подтверждение.
Учеными из США найдены новые доказательства РНК-мира
рибозимов - в 1982-1983. Полагаю, что и гипотезу «Мир-РНК», которая по принципу «на безрыбье и рак рыба» пока атеистам кажется убедительной, ждет такое же будущее. Последние новости по теме рнк. Согласно гипотезе РНК-мира, молекула РНК играла ключевую роль в молекулярных процессах и биохимических реакциях, которые привели к появлению жизни на Земле. Альтернативная гипотеза называется гипотезой первичного майонеза и говорит о том, что липиды, то есть вещества, образующие мембраны, были с самого начала и окружали молекулы РНК. ELife: обнаружено случайное возникновение самовоспроизводящихся молекул Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили об обнаружении новых доказательств гипотезы РНК-мира.
Молекулы РНК появились на Земле раньше молекул ДНК и белков
Гипотеза о существовании мира РНК получила новую жизнь после исследований, продемонстрировавших то, что молекулы РНК проявляют более высокую каталитическую активность в условиях, сходных с теми, что существовали на Земле миллиарды лет назад. Сегодня Зоя Андреева рассматривает гипотезу РНК-мира, необязательно верную, но способную свергнуть центральную догму. В новом прорыве, который может кардинально изменить наше понимание происхождения жизни на Земле, исследователи из Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили свидетельства гипотезы РНК-мира. Открытия, показывающие способность молекул РНК самовоспроизводиться, а также выполнять ферментативные функции, привели к возникновению гипотезы мира РНК. Последние новости дня на этот час. Новые доказательства гипотезы РНК-мира: ученые обнаружили способ самовоспроизведения молекул без участия белков. Альтернативная гипотеза называется гипотезой первичного майонеза и говорит о том, что липиды, то есть вещества, образующие мембраны, были с самого начала и окружали молекулы РНК.
Ученые описали, как появилась РНК
Он работал над набросками того, как этот процесс мог выглядеть, экстраполируя назад от современного, гораздо более сложного генетического кода. Когда гипотеза, которую в 1986 году назвали «мир РНК», набрала популярность, Картер, по его признанию, был выбит из колеи. Ему казалось, что его мир пептидов и РНК, предложенный за десять лет до этого, полностью проигнорировали. С тех пор он, Уиллс и другие совместно работали над теорией, возвращающейся к тому исследованию. Их главной целью было вывести простейший генетический код, предшествующий современному, более специфичному и сложному. Поэтому они обратились не только к вычислениям, но и к генетике. В основе их теории лежат 20 «нагрузочных» молекул, аминоацил-тРНК-синтетазы. Эти каталитические ферменты позволяют РНК связываться с определёнными аминокислотами в соответствии с правилами генетического кода. Предыдущие исследования показали, что 20 ферментов можно поровну разделить на две группы по 10 штук на основе их структуры и последовательностей. Два этих класса ферментов обладают определёнными последовательностями, кодирующими взаимоисключающие аминокислоты — то есть, эти ферменты должны были появиться из дополняющих цепочек одного древнего гена. Картер, Уиллс и их коллеги обнаружили, что в таком случае РНК кодировала пептиды при помощи набора всего из двух правил или, иначе говоря, использовала два типа аминокислот.
Получившиеся пептиды поддерживали те же самые правила, что управляют процессом передачи, благодаря чему возникает ключевая для этой теории петля обратной связи. РНК-пептидный мир Жизнь могла появиться из взаимодействия РНК и пептидов, работавших в качестве первого генетического кода. Самоподдерживающаяся петля реакций создавала бы ферменты, выбирая всего из двух типов аминокислот вместо 20 типов, имеющихся в современных белках. В недавних работах Картер и Уиллс показывают, что их мир пептидов-РНК решает проблемы с пробелами в истории происхождения жизни, которые неспособна объяснить только одна РНК.
Дальнейший путь от этой молекулы к ДНК и к примитивному организму в лабораторных условиях воспроизведён не был, поскольку предполагал бы длительное «самообучение» молекул тому, катализ синтеза чего именно, кроме самих себя, им надлежит осуществлять. Но проблем в этой области не предвиделось. Возникновение клетки заслуживающее, впрочем, отдельного рассмотрения являлось очевидным и неизбежным результатом накопления молекулами генетической информации. Однако, РНК-мир обладал и крайне неприятной слабостью. Все вышеупомянутые чудеса происходили в пробирке.
Смоделировать естественные условия, в которых все нужные вещества собрались бы в одном месте в необходимой для протекания реакции синтеза РНК концентрации, оказалось невозможно. Надежды, связываемые с «чёрными курильщиками» зарождение жизни в горячих ключах , не оправдывались. Жирный налёт на внутренней поверхности жерл подводных гейзеров представлял собой нечто похожее… но, всё-таки, не то. Более того, обнаружилось, что часть необходимых реагентов в нём отсутствует в принципе, и попасть в эту среду никак не может, ибов воду поступает не из мантии планеты, а из атмосферы.
Это позволяет предположить, что древние РНК-полимеры могли использовать такие температурные циклы для своего размножения. Неорганические поверхности, например, камни, также могли играть важную роль в этом процессе, способствуя стабилизации и размножению РНК-молекул. Это открытие дает новые перспективы для понимания процессов, лежащих в основе зарождения жизни на нашей планете, и подчеркивает важность дальнейших исследований в области преобиотической химии и молекулярной биологии.
Специалисты обнаружили, что рибозим, который помогает расщеплять другие молекулы, может появиться спонтанно, потому что для обеспечения его работы необходимы только несколько классических оснований. Но и тут оставалась проблема, как именно это свойство сохранилось во время биохимической эволюции. Чтобы в этом разобраться, ученые разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК без ферментативной активности. В ходе эксперимента появились короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК.
Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Черные курильщики океана — весьма богатые и самобытные экосистемы: питающиеся на них бактерии используют железосерные реакции, о которых мы уже говорили. Они являются основой для вполне цветущей жизни, включая массу уникальных червей и креветок. Возможно, они были основой и зарождения жизни на планете: по крайней мере, теоретически такие системы несут в себе все необходимое для этого. И в этих фантазиях можно лишь позавидовать воображению древних авторов: по вопросу о том, из чего, как и почему возник космос, откуда и каким образом появилась жизнь — и люди, — версии звучали самые разные и почти всегда красивые.
Растения, рыбы и звери вылавливались с морского дна громадным вороном, люди выползали червями из тела первопредка Паньгу, лепились из глины и пепла, рождались от браков богов и чудовищ. Все это удивительно поэтично, но к науке, конечно, не имеет никакого отношения. Научно: Мир РНК В соответствии с принципами диалектического материализма жизнь — это «единство и борьба» двух начал: изменяющейся и передающейся по наследству информации, с одной стороны, и биохимических, структурных функций — с другой.
Одно без другого невозможно — и вопрос о том, с чего жизнь началась, с информации и нуклеиновых кислот или с функций и белков, остается одним из самых сложных. А одним из известных решений этой парадоксальной задачи является гипотеза «мира РНК», появившаяся еще в конце 1960-х и окончательно оформившаяся в конце 1980-х. РНК — макромолекулы, в хранении и передаче информации не столь эффективные, как ДНК, а в выполнении ферментативных функций — не столь впечатляющие, как белки.
Зато молекулы РНК способны и на то, и на другое, и до сих пор они служат передаточным звеном в информационном обмене клетки, и катализируют целый ряд реакций в ней. РНК же может быть полностью автономной: она способна катализировать собственное «размножение» — и для начала этого достаточно. Исследования в рамках гипотезы «мира РНК» показали, что эти макромолекулы способны и к полноценной химической эволюции.
Взять хотя бы наглядный пример, продемонстрированный калифорнийскими биофизиками во главе с Лесли Оргелом Lesley Orgel : если в раствор способной к саморепликации РНК добавить бромистый этидий, служащий для этой системы ядом, блокирующим синтез РНК, то понемногу, со сменой поколений макромолекул, в смеси появляются РНК, устойчивые даже к очень высоким концентрациям токсина. Примерно так, эволюционируя, первые молекулы РНК могли найти способ синтезировать первые инструменты-белки, а затем — в комплексе с ними — «открыть» для себя и двойную спираль ДНК, идеальный носитель наследственной информации. По мнению ее сторонников, никакая жизнь вовсе никогда не возникала — как не рождалась и Земля, не появлялся и космос: они просто были всегда, всегда и пребудут.
Все это не более обосновано, нежели черви Паньгу: чтобы всерьез принять такую «теорию», придется забыть о бесчисленных находках палеонтологии, геологии и астрономии. А по сути, отказаться от всего грандиозного здания современной науки — но тогда, наверное, стоит отказаться и от всего того, что полагается его жителям, включая компьютеры и безболезненное лечение зубов. Научно: Протоклетки Однако простой репликации для «нормальной жизни» недостаточно: любая жизнь — это, прежде всего, пространственно изолированный участок среды, разделяющий процессы обмена, облегчающий течение одних реакций и позволяющий исключать другие.
Иначе говоря, жизнь — это клетка, ограниченная полупроницаемой мембраной, состоящей из липидов. И «протоклетки» должны были появляться уже на самых ранних этапах существования жизни на Земле — первую гипотезу об их происхождении высказал хорошо знакомый нам Александр Опарин. В его представлении «протомембранами» могли служить капельки гидрофобных липидов, напоминающие желтые капли масла, плавающего в воде.
В целом идеи ученого принимаются и современной наукой, занимался этой темой и Джек Шостак, получивший за свои работы Медаль Опарина. Вместе с Катаржиной Адамалой Katarzyna Adamala он сумел создать своего рода модель «протоклетки», аналог мембраны которой состоял не из современных липидов, а из еще более простых органических молекул, жирных кислот, которые вполне могли накапливаться в местах возникновения первых протоорганизмов. Шостаку и Адамале удалось даже «оживить» свои структуры, добавив в среду ионы магния стимулирующие работу РНК-полимераз и лимонную кислоту стабилизирующую структуру жировых мембран.
В работе 2020 года исследователи получили РНК-полимеразы класса I, способные синтезировать своего «предка» — РНК-лигазу класса I — в виде трех отдельных цепей, которые затем собирались в функциональный рибозим. На этом примере можно понять, как работает эволюция РНК in vitro. Один из этапов эволюции РНК-полимеразы класса I —рибозима, производящего рибозимы. Credit: PNAS, 2020. DOI: 10. На праймер отжигается матрица коричневый для синтеза участка РНК, превращающего шпильку с биотином в рибозим — молекулу РНК типа «головка молота» hammerhead , которая разрезает сама себя. Полимераза синтезирует hammerhead голубой на матрице, и вся конструкция захватывается на магнитные шарики со стрептавидином. Если hammerhead успешно синтезирован а в нем есть участок, крайне чувствительный к ошибкам , он вносит разрез в оранжевый участок, полимераза высвобождается, подвергается обратной транскрипции и ПЦР-амплификации; затем с помощью транскрипции синтезируются дочерние молекулы полимеразы, и цикл повторяется. Десятки раундов эволюции в этой системе улучшили свойства РНК-полимеразы, существенно сократили время получение полноразмерного продукта.
К каждой молекуле сахара присоединяется одно азотистое основание. Честно говоря, насчет РНК никто не задумывался долгие годы. Существовала догма, что вот есть клетка, есть хромосомы, в которых есть ДНК — хранитель генетической информации. В конце концов, на рибосомах синтезируются белки. А потом посыпались открытия, которые заставили совершенно по-другому взглянуть на РНК Главное отличие нуклеиновых кислот заключается в их углеводной компоненте. Так, ДНК существуют в основном в форме всем известных жестких спиралей, в которых две цепи ДНК удерживаются вместе за счет образования водородных связей между комплементарными нуклеотидами. РНК также могут формировать спирали из двух цепочек, похожие на спирали ДНК, однако в большинстве случаев РНК существуют в виде сложных структур-клубков. Структуры эти формируются не только за счет образования упомянутых водородных связей между разными участками РНК, но и благодаря оксигруппе рибозы, которая может образовывать дополнительные водородные связи и взаимодействовать с фосфорной кислотой и ионами металлов. Глобулярные структуры РНК не только внешне напоминают белковые структуры, но и приближаются к ним по свойствам: они могут взаимодействовать с самыми разными молекулами, как маленькими, так и полимерными. Кого Считать «Живым»? Почему же именно РНК мы называем праматерью ныне существующей жизни? Чтобы ответить на этот вопрос, давайте разберемся, где проходит граница между живым и неживым. Поскольку над проблемой происхождения жизни работают ученые из разных областей, каждый оперирует терминами близкой ему науки. Химики обязательно вспомнят слово «катализатор», математики — «информация». Биологи будут считать живой систему, содержащую вещество генетическую программу , которое может копироваться или, по-простому, размножаться. При этом необходимо, чтобы в ходе такого копирования могли происходить некоторые изменения наследственной информации и возникать новые варианты систем, т. Еще биологи обязательно заметят, что такие системы должны быть пространственно обособлены. Иначе возникшие более прогрессивные системы не смогут воспользоваться своими преимуществами, поскольку их более эффективные катализаторы и другие продукты будут беспрепятственно «уплывать» в окружающую среду. Каким же образом первые молекулярные системы были обособлены от окружающей среды? Колонии молекул могли, например, удерживаться вместе за счет адсорбции на какой-нибудь минеральной поверхности или пылевых частицах. Однако возможно, что уже самые примитивные системы располагали, подобно современным живым клеткам, настоящей мембранной оболочкой. Это слово должно быть хорошо известно прекрасной половине наших читателей: липосомы широко используются в косметических кремах — крохотные жировые капсулы начиняются витаминами и другими биологически активными веществами. А вот чем были наполнены древние «протоклетки»? Оказалось, что на роль «начинки» претендуют именно РНК. РНК умеет все? Жизнь, без сомнения, должна была начаться с образования «умелых» молекул, которые могли бы сами себя размножать и выполнять все другие «хозяйственные работы», необходимые для существования клетки. Однако на роль таких умельцев не подходит ни ДНК, ни белок. Белки — непревзойденные катализаторы, но не могут работать в качестве «генетических программ». Но не будем забегать вперед. Рассмотрим давно известные функции РНК, связанные с работой экспрессией гена в клетке. В результате сложных обработок ее специальными белками получается матричная РНК мРНК , которая и явля-ется программой для синтеза белка. Благодаря тРНК аминокислота фиксируется в каталитическом центре рибосомы, где она «пришивается» к синтезируемой белковой цепи. Из рассмотренной последовательности событий видно, что молекулы РНК играют ключевую роль в декодировании генетической информации и биосинтезе белка. Этот процесс, названный обратной транскрипцией, используют в ходе своего развития многие вирусы, в том числе печально известные онкогенные вирусы и ВИЧ-1, вызывающий СПИД. Таким образом, выяснилось, что поток генетической информации не является, как первоначально считалось, однонаправленным — от ДНК к РНК.
Косвенно, РНК-мир находился и в противоречии свидетельствам палеонтологии. Если жизнь изначально возникла в глубинах, в перенасыщенных едкой химией горячих ключах, — то есть, в условиях экстремальных, то почему находки свидетельствуют об обратном? Согласно летописи , жизнь очень долго и не охотно распространялась из идиллической среды тропических мелководий в условия даже чуть более суровые. Данные затруднения и обусловили возврат к основательно забытой за последние полвека «коацерватной» гипотезе академика Опарина. Забытой, как в связи с переносом возникновения жизни на два миллиарда лет ранее предполагавшихся Опариным сроков, так и в связи с выносящей мозг экстравагантностью. Ведь, в рамках гипотезы порядок развития события оказывался обратным, как казалось,естественному: протоклетка в виде парящей в воде капельки, впитывающей одни вещества и отторгающей другие, растущей благодаря этому и «размножающейся» делением, возникает раньше явления автокатализа и, соответственно, наследственности. В новой редакции концепция Опарина получила название «гипотезы мира полиароматических углеводородов». Проверка а ранее не стяжавшая популярности гипотеза толком и не проверялась, не считая экспериментов самого автора внезапно показала, что этих ваших способных образовывать коацерватные капли полиароматических углеводородов в этом вашем космосе чуть больше, чем…много. Пятая часть углерода в составе туманностей входит в данные соединения.
Ученые предположили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Поэтому когда клетке нужно сделать конкретный белок, она считывает соответствующий ген в ДНК, чтобы получить последовательность аминокислот. Но есть нюанс. ДНК очень ценная, поэтому клетки предпочитают хранить ее в безопасности. И, наконец, процесс преобразования информации в этой цепи РНК в белок происходит в чрезвычайно сложной молекуле под названием «рибосома». Этот процесс протекает в каждой живой клетке, даже у простейших бактерий. Он так же необходим для жизни, как еда и воздух.
Любое объяснение происхождения жизни должно показать, как эта сложная троица — ДНК, РНК и белок рибосомы — появилась и начала работать. Клетки могут быть невероятно сложными И внезапно идеи Опарина и Холдейна уже кажутся наивными и простыми, а эксперимент Миллера, который произвел несколько аминокислот, и вовсе дилетантским. Его исследование было лишь первым шагом на длинной дороге. Что нам делать, чтобы найти органическую химию, которая будет делать все это за один раз? Первым человеком, который попытался прямо ответить на этот вопрос, стал английский химик Лесли Оргел.
Оргел намеревался упростить задачу. В 1968 году, при поддержке Крика, он предположил, что первая жизнь не имела белков или ДНК. Вместо этого она почти полностью была сделана из РНК. В таком случае первичным молекулам РНК приходилось быть особенно универсальными. С одной стороны, они должны были уметь создавать копии самих себя, по-видимому, используя тот же механизм образования пар, что и ДНК.
Идея того, что жизнь началась с РНК, оказала колоссальное влияние. И разразила научную войну, которая продолжается по сей день. ДНК лежит в основе всех живых существ Предположив, что жизнь началась с РНК и кое-чего еще, Оргел по сути предположил, что один из важнейших аспектов жизни — ее способность воспроизводить себя — появился до всех остальных. В некотором смысле он предположил не только, как жизнь появилась: он предположил кое-что о самой сути жизни. Многие биологи согласны с идеей Оргела «сперва воспроизводство».
В дарвиновской теории эволюции способность производить потомство находится в центре: это единственный способ для организма «выиграть» — оставить после себя детей. Но у жизни есть и другие функции, которые кажутся одинаково важными. Самая очевидная — это метаболизм: способность извлекать энергию из окружающей среды и использовать ее для поддержания своей жизни. Для многих биологов метаболизм определяет первичную суть жизни, а воспроизводство уже потом. Поэтому начиная с 1960-х годов в рядах ученых, изучающих происхождение жизни, наблюдается раскол.
Между тем третья группа поддерживает гипотезу о том, что сперва появился контейнер для ключевых молекул, который не позволял им расплываться. Другими словами, должна была быть клетка — как подчеркивали Опарин и Холдейн за несколько десятков лет до этого — возможно, закрытая мембраной из простых жиров и липидов. Все три идеи приобрели сторонников и сохранились до наших дней. Ученые страстно поддерживали свои идеи, иногда даже совершенно слепо. Неразбериха в рядах ученых достигла апогея, а журналисты, сообщающие о результатах, одни часто говорили, что «другие ученые тупые» или еще хуже.
Благодаря Оргелу, идея начала жизни с РНК освежила движение к разгадке. Затем наступили 1980-е, а вместе с ними произошло открытие, которое в значительное степени подтвердило идею Оргела. РНК может быть ключом к началу жизни Часть третья: в поисках первого репликатора Эволюция важнее всего. Итак, после 1960-х годов ученые, пытающиеся понять происхождение жизни, разделились на три группы. Некоторые из них были убеждены в том, что жизнь началась с формирования примитивных версий биологических клеток.
Другие считали, что ключевым первым шагом была метаболическая система, а третьи сосредоточились на важности генетики и репликации. Эта последняя группа начала выяснять, как мог бы выглядеть первый репликатор, подразумевая, что он был сделан из РНК. Уже в 1960-е годы ученые имели основания полагать, что РНК была источником всей жизни. Это одноцепочечная молекула, поэтому, в отличие от жесткой, двухцепочечной ДНК, она может складывать себя в целый ряд различных форм. Похожая на оригами, складывающаяся РНК в целом напоминала по поведению белки.
Белки тоже в основном представляют длинные цепи — только из аминокислот, а не нуклеотидов — и это позволяет им создавать сложные структуры. Это ключ к самой удивительной способности белков. Некоторые из них могут ускорять, или «катализировать», химические реакции. Такие белки известны как ферменты. Чтобы не пропустить ничего интересного из мира высоких технологий, подписывайтесь на наш новостной канал в Telegram.
Там вы узнаете много нового. Множество ферментов можно найти у вас в кишках, где они разбивают сложные молекулы из пищи на простые типа сахаров, которые могут использовать ваши клетки. Без ферментов жить было бы невозможно. Лесли Оргел и Фрэнсис Крик начали кое-что подозревать. Если РНК может складываться как белок, возможно, она может и образовывать ферменты?
Если бы это было правдой, то РНК могла бы быть оригинальной — и универсальной — живой молекулой, хранящей информацию, как это делает сейчас ДНК, и катализирующей реакции, как это делают некоторые белки. Это была прекрасная идея, но за десять лет она не получила никаких доказательств. Томас Чех, 2007 год Томас Чех родился и вырос в штате Айова. Еще ребенком он был очарован горными породами и минералами. И уже в младших классах средней школы он заглядывал в местный университет и стучался в двери геологов с просьбой показать модели минеральных структур.
Однако, в конце концов, он стал биохимиком и сосредоточился на РНК. В начале 1980-х годов Чех и его коллеги по Университету Колорадо в Боулдере изучали одноклеточный организм Tetrahymena thermophila. Часть ее клеточного механизма включает цепи РНК. Чех обнаружил, что отдельный сегмент РНК каким-то образом оказался отделен от остальных, словно его вырезали ножницами. Когда ученые убрали все ферменты и другие молекулы, которые могли выступать молекулярными ножницами, РНК продолжала выделываться.
Так они нашли первый фермент РНК: короткий участок РНК, который способен вырезать себя из длинной цепи, частью которой является. Результаты работы Чех опубликовал в 1982 году. В следующем году другая группа ученых обнаружила второй фермент РНК, «рибозим» сокращение от «рибонуклеиновая кислота» и «энзим», он же фермент. Обнаружение двух ферментов РНК одного за другим указывало на то, что их должно быть много больше. И так идея начала жизни с РНК начала выглядеть солидно.
Как грудной имплантат сохранил жизнь женщины Однако имя этой идее дал Уолтер Гилберт из Гарвардского университета в Кембридже, штат Массачусетс. Как физик, восхищающийся молекулярной биологией, Гилберт также стал одним из первых сторонников секвенирования генома человека. Первая стадия эволюции, утверждал Гилберт, состояла из «молекул РНК, выполняющих каталитическую деятельность, необходимую для сборки самих себя в бульон нуклеотидов». Наконец, они нашли способ создавать белки и белковые ферменты, которые оказались настолько полезными, что в значительной степени вытеснили версии РНК и дали начало жизни, которую мы имеем. Вместо того, чтобы полагаться на одновременное образование десятков биологических молекул из первичного бульона, «одна за всех» молекула могла сделать всю работу.
В 2000 году гипотеза «мира РНК» получила колоссальную порцию подтверждающих доказательств. Рибосома делает белки Томас Стейц провели 30 лет, изучая структуры молекул в живых клетках. В 1990-е годы он посвятил себя самой серьезной задаче: выяснить структуру рибосомы. Рибосома есть в каждой живой клетке. Эта огромная молекула считывает инструкции в РНК и выстраивает аминокислоты, чтобы сделать белки.
Рибосомы в ваших клетках построили большую часть вашего тела. Было известно, что рибосома содержит РНК. Но в 2000 году команда Стейца произвела подробное изображение структуры рибосомы, которое показало, что РНК была каталитическим ядром рибосомы. Это было важно, так как рибосома фундаментально важна для жизни и при этом очень древняя. Но с тех пор ученые начали сомневаться.
С самого начала у идеи «мира РНК» было две проблемы. Могла ли РНК действительно выполнять все функции жизни сама по себе? Могла ли она образоваться на ранней Земле? Прошло 30 лет с тех пор, как Гилберт заложил фундамент для «мира РНК», и мы до сих пор не нашли твердых доказательств, что РНК может выполнять все, что от нее требует теория. Это маленькая умелая молекула, но она может не уметь всего.
Как он-лайн вечеринки меняют нашу жизнь. Личный опыт Ясно было одно. Если жизнь началась с молекулы РНК, РНК должна была быть способна делать копии себя: она должна была быть самовоспроизводящейся, самореплицирующейся. Но ни одна из известных РНК не может самовоспроизводиться. Как и ДНК.
Поэтому в конце 1980-х годов несколько ученых начали весьма донкихотские поиски. Они задумали создать самовоспроизводящуюся РНК самостоятельно. Джек Шостак Джек Шостак из Гарвардской школы медицины был одним из первых, кто принял в этом участие. В детстве он был так очарован химией, что завел лабораторию в подвале своего дома. Пренебрегая собственной безопасностью, однажды он даже устроил взрыв, после которого в потолке застряла стеклянная трубка.
В начале 1980-х годов Шостак помог показать, как гены защищают себя от процесса старения. Это довольно раннее исследование в конечном итоге принесло ему часть Нобелевской премии. Однако очень скоро он восхитился ферментами РНК Чеха. Шостак решил улучшить открытие, произведя новые ферменты РНК в лаборатории. Его команда создала набор случайных последовательностей и проверила, обладает ли хоть одна из них каталитическими способностями.
Затем они брали эти последовательности, переделывали и снова проверяли. Спустя 10 раундов таких действий Шостак произвел фермент РНК, который ускорял протекание реакции в семь миллионов раз. Он показал, что ферменты РНК могут быть по-настоящему мощными. Но их фермент не мог копировать себя, даже чуточку. Шостак оказался в тупике.
Возможно, жизнь началась не с РНК Следующий крупный шаг осуществил в 2001 году бывший студент Шостака Дэвид Бартель из Массачусетского технологического института в Кембридже. Другими словами, он добавлял не случайные нуклеотиды: он правильно копировал последовательность. Пока это был еще не саморепликатор, но уже что-то похожее. Была надежда, что несколько настроек позволят ему построить цепь длиной в 189 нуклеотидов — как и он сам. Лучшее, что удалось сделать, принадлежало Филиппу Холлигеру в 2011 году из Лаборатории молекулярной биологии в Кембридже.
Его команда создала модифицированный R18 под названием tC19Z, который копировал последовательности до 95 нуклеотидов длиной. В 2009 году они создали фермент РНК, который размножается косвенно. Их фермент объединяет два коротких кусочка РНК для создания второго фермента. Затем объединяет другие два кусочка РНК, чтобы воссоздать исходный фермент. При наличии сырья этот простой цикл можно продолжать до бесконечности.
Но ферменты работали только тогда, когда им давали правильные цепочки РНК, которые приходилось делать Джойсу и Линкольну. Для многих ученых, которые скептически относятся к «миру РНК», отсутствие самовоспроизводящейся РНК является фатальной проблемой этой гипотезы. РНК, по всей видимости, просто не может взять и начать жизнь. Также проблему усугубила неудача химиков в попытках создать РНК с нуля. Казалось бы, простая молекула по сравнению с ДНК, но сделать ее чрезвычайно трудно.
Это животное остается беременным всю жизнь без перерыва Проблема лежит в сахаре и основании, которые составляют каждый нуклеотид. Можно сделать каждый из них по отдельности, но они упорно отказываются связываться. К началу 1990-х годов эта проблема стала очевидной. Многие биологи заподозрили, что гипотеза «мира РНК», несмотря на всю привлекательность, может быть не совсем верной. Вместо этого, возможно, на ранней Земле был какой-то другой тип молекулы: что-то проще, чем РНК, которая на самом деле могла собрать себя из первичного бульона и начать самовоспроизводиться.
Это была по существу сильно модифицированная версия ДНК. Он назвал новую молекулу полиамидной нуклеиновой кислотой, или ПНК. Непонятным образом с тех пор она стала известна как пептидная нуклеиновая кислота. ПНК никогда не встречали в природе. Но ведет она себя практически как ДНК.
Стэнли Миллер был заинтригован. Глубоко скептически относясь к РНК-миру, он подозревал, что ПНК была куда более вероятным кандидатом на первый генетический материал. В 2000 году он произвел несколько уверенных доказательств. К тому времени ему уже стукнуло 70 и он пережил несколько инсультов, которые могли отправить его в дом престарелых, но не сдался. Он повторил свой классический эксперимент, который мы обсуждали в первой главе, в этот раз используя метан, азот, аммиак и воду — и получил полиамидную основу ПНК.
Молекула треозо-нуклеиновой кислоты Другие химики придумали собственные альтернативные нуклеиновые кислоты. Это та же ДНК, но с другим сахаром в основе. Более того, ТНК может складываться в сложные формы и даже связываться с белком. В 2005 году Эрик Меггес сделал гликолевую нуклеиновую кислоту, которая может формировать спиральные структуры. У каждой из этих альтернативных нуклеиновых кислот есть свои сторонники.
Но никаких следов их в природе не найти, поэтому если первая жизнь действительно использовала их, в какой-то момент она должна была полностью отказаться от них в пользу РНК и ДНК. Это может быть правдой, но никаких доказательств нет. В итоге к середине 2000-х годов сторонники мира РНК оказались в затруднительном положении. С одной стороны, РНК-ферменты существовали и включали одну из важнейших частей биологической инженерии, рибосому. Альтернативные нуклеиновые кислоты могли бы решить последнюю задачу, но нет никаких доказательств, что они существовали в природе.
Не очень хорошо. Очевидный вывод был таким: «мир РНК», несмотря на свою привлекательность, оказался мифом. Между тем с 1980-х годов постепенно набирала обороты другая теория. Вместо этого она началась с механизма использования энергии. Жизни нужна энергия, чтобы оставаться живой Часть четвертая: энергия протонов Во второй главе мы узнали, как ученые разделились на три школы мысли, размышляя об истоках жизни.
Одна группа была убеждена, что жизнь началась с молекулы РНК, но не смогла показать, как РНК или подобные молекулы могли спонтанно образоваться на ранней Земле, а затем наделать копий самих себя. На первых порах их усилия воодушевляли, но в конечном итоге осталось только разочарование. Тем не менее другие исследователи происхождения жизни, которые двигались иными путями, пришли к кое-каким результатам. Теория «мира РНК» опирается на простую идею: самое важное, что может сделать живой организм, это воспроизвести себя. Многие биологи с этим согласились бы.
От бактерий до голубых китов, все живые существа стремятся завести потомство. Тем не менее многие исследователи происхождения жизни не считают воспроизводство чем-то фундаментальным. Перед тем как организм сможет размножаться, говорят они, он должен стать самодостаточным. Он должен поддерживать себя в живом состоянии. В конце концов, вы не сможете иметь детей, если сначала умрете.
Мы поддерживаем себя в живых, поглощая пищу; зеленые растения делают это путем извлечения энергии из солнечного света. На первый взгляд, человек, поедающий сочный стейк, сильно отличается от поросшего листвой дуба, но если разобраться, они оба нуждаются в энергии. Этот процесс называется метаболизм. Сначала вам нужно получить энергию; допустим, из богатых энергией химических веществ вроде сахара. Затем вы должны использовать эту энергию, чтобы построить что-нибудь полезное вроде клеток.
Этот процесс использования энергии настолько важный, что многие исследователи считают его первым, с которого началась жизнь. Вулканическая вода горячая и богата минералами Как могли бы выглядеть эти предназначенные только для метаболизма организмы? Одно из самых интересных предположений было выдвинуто в конце 1980-х годов Гюнтер Вахтершаузер. Он не был штатным ученым, скорее патентным юристом с небольшими познаниями в химии. Вахтершаузер предположил, что первые организмы «радикально отличались от всего, что мы знали».
Они не были сделаны из клеток. Нет, вместо этого Вахтершаузер представил поток горячей воды, вытекающей из вулкана. Эта вода богата вулканическими газами вроде аммиака и содержит следы минералов из сердца вулкана. Там, где вода текла через скалы, начинали происходить химические реакции. В частности, металлы из воды помогали простым органическим соединениям сливаться в более крупные.
Поворотным моментом стало создание первого метаболического цикла. Это процесс, в котором одно химическое вещество превращается в ряд других химических веществ, пока в конце концов не будет воссоздан исходник. В процессе этого вся система накапливает энергию, которая может быть использована для перезапуска цикла — и для других вещей. Инопланетная жизнь может обитать рядом с белыми карликами Все остальное, из чего состоит современный организм — ДНК, клетки, мозги — появились позже, поверх этих химических циклов. Эти метаболические циклы вообще мало похожи на жизнь.
Вахтершаузер назвал свое изобретение «прекурсорами организмов» и написал, что «едва ли их можно назвать живыми». Но метаболические циклы вроде тех, что описал Вахтершаузер, лежат в основе всего живого. Ваши клетки — это по сути микроскопические химические заводики, постоянно перегоняющие одни вещества в другие. Метаболические циклы нельзя назвать жизнью, но они имеют основополагающее значение для нее. В течение 1980-х и 1990-х годов Вахтершаузер работал над деталями своей теории.
Он изложил, какие минералы подошли бы больше всего и какие химические циклы могли иметь место. Его идеи начали привлекать сторонников. Но все это было сугубо теоретическим. Вахтершаузеру нужно было реальное открытие, которое подкрепило бы его идеи. К счастью, его уже сделали десятью годами ранее.
Источники в Тихом океане В 1977 году группа под руководством Джека Корлисса из Университета штата Орегон погрузилась на 2,5 километра в восточной части Тихого океана. Они изучали Галапагосские горячие источники в местах, где с морского дна поднимались высокие хребты. Эти хребты были вулканически активными. Корлисс обнаружил, что эти хребты были буквально усеяны горячими источниками.
В 1968 году химик Лесли Орджел опубликовал статью, в которой описал возможность существования жизни на Земле исключительно в виде рибонуклеиновых кислот, которые были способны передавать информацию безо всяких белков.
Впоследствии эту идеи развили другие ученые. Так возникла гипотеза «РНК-мира».
Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории представили новые данных, подтверждающие гипотезу РНК-мира. Согласно этой гипотезе, первые репликаторы на Земле были представлены РНК-молекулами, способными к самовоспроизведению без участия белковых ферментов В сообщении, опубликованном в журнале eLife, ученые описывают механизм, согласно которому рибозимы могут возникать спонтанно и служить затравками для синтеза более длинных цепей РНК. Источник фото: Фото редакции Исследователи разработали модели, имитирующие случайные разрывы в простых молекулах РНК.
Впоследствии эту идеи развили другие ученые. Так возникла гипотеза «РНК-мира». Ученым из США удалось получить ее первое подтверждение. Ученые многие годы ищут ответ на вопрос, могут ли РНК быть предшественниками жизни в известном нам виде.
Исследование специалистов из США преподносит новые доказательства в поддержку гипотезы «РНК-мира» — существования жизни до появления белков и ДНК, в виде рибонуклеиновых кислот. Им удалось получить в лаборатории особую молекулу РНК, запускающую воспроизводство других РНК и появление у них мутаций.
Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
| Появилась новая гипотеза возникновения ДНК и РНК | Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории. |
| Мир – РНК — Студопедия | Новые доказательства гипотезы РНК-мира: ученые обнаружили способ самовоспроизведения молекул без участия белков. |
Происхождение жизни, часть 2: РНК-мир
Мир РНК — гипотетический этап возникновения жизни на Земле, когда как функцию хранения генетической информации, так и катализ химических реакций выполняли ансамбли молекул. Сторонники гипотезы РНК-мира считают, что на начальном этапе зарождения жизни на нашей планете возникли автономные РНК-системы, которые катализировали «метаболические» реакции (например, синтеза новых рибонуклеотидов) и самовоспроизводились. Исследования в рамках гипотезы «мира РНК» показали, что эти макромолекулы способны и к полноценной химической эволюции. Гипотеза РНК-мира заключается в том, что первые репликаторы на Земле представляли собой РНК-молекулы, которые могли инициировать собственное воспроизведение без помощи белковых ферментов. Гипотеза мира РНК ставит РНК в центр внимания при зарождении жизни. Полагаю, что и гипотезу «Мир-РНК», которая по принципу «на безрыбье и рак рыба» пока атеистам кажется убедительной, ждет такое же будущее.
Получено экспериментальное подтверждение гипотезы РНК-мира
Что приближает задачу объяснения происхождения жизни. Но, по-моему, гипотеза РНК-мира имеет существенный выше описанный недостаток. Интересно, кто-нибудь это осознаёт? Или я в чем-то не прав? Однако это все же не исключает того, что белки были первичными. Потому, что, например, РНК-клетки и белковые клетки могли возникнуть независимо, но сначала возникли белковые «клетки» как более «простые» и эффективные. И лишь потом РНК-клетки когда возникла потребность в достаточно хорошей защите от шума при репликации как их конкуренты. В дальнейшем же мог возникнуть симбиоз упомянутых двух типов клеток нечто подобно тому, как возникли эвкариоты.
Кто что думает?
Жирный налёт на внутренней поверхности жерл подводных гейзеров представлял собой нечто похожее… но, всё-таки, не то. Более того, обнаружилось, что часть необходимых реагентов в нём отсутствует в принципе, и попасть в эту среду никак не может, ибов воду поступает не из мантии планеты, а из атмосферы. Косвенно, РНК-мир находился и в противоречии свидетельствам палеонтологии. Если жизнь изначально возникла в глубинах, в перенасыщенных едкой химией горячих ключах, — то есть, в условиях экстремальных, то почему находки свидетельствуют об обратном? Согласно летописи , жизнь очень долго и не охотно распространялась из идиллической среды тропических мелководий в условия даже чуть более суровые. Данные затруднения и обусловили возврат к основательно забытой за последние полвека «коацерватной» гипотезе академика Опарина. Забытой, как в связи с переносом возникновения жизни на два миллиарда лет ранее предполагавшихся Опариным сроков, так и в связи с выносящей мозг экстравагантностью.
Ведь, в рамках гипотезы порядок развития события оказывался обратным, как казалось,естественному: протоклетка в виде парящей в воде капельки, впитывающей одни вещества и отторгающей другие, растущей благодаря этому и «размножающейся» делением, возникает раньше явления автокатализа и, соответственно, наследственности. В новой редакции концепция Опарина получила название «гипотезы мира полиароматических углеводородов».
В ряде экспериментов он успешно определял промоторы заданных РНК-матриц, связывался с ними и эффективно производил их копии подобно тому, как работают ДНК-зависимые РНК-полимеразы прокариот.
Полученные результаты подразумевают, что схожие рибозимы на ранних стадиях развития жизни могли приобрести столь же сложные биологические свойства», — пояснил Унрау. Ранее исследователям уже удавалось использовать «эволюцию в пробирке» для синтеза РНК-полимеразных рибозимов, но не обладающих зажимом и ограниченных по точности синтеза. Также различные научные коллективы показали, что синтезу нуклеотидов при возникновении жизни способствовала цикличная смена влажности, а подходящей подложкой для синтеза из них РНК могла служить глина.
Олег Лищук Нашли опечатку? Побелевшие от горя Мария Пази Февральский ветер шуршит по иглам дугласовых пихт. С одной из колючих веток разноголосый дрозд с любопытством оглядывает сонный городок в штате Вашингтон.
Дремать ему, впрочем, осталось недолго — на берегу реки найдено тело школьницы Лоры Палмер. В первом сезоне «Твин Пикса», пока агент Дейл Купер объедается вишневыми пирогами, отец убитой Лоры, юрист Лиланд Палмер, мечется по грани между горем и безумием. Наутро второго сезона он проснется белым как полярная лисица.
Поседевший за ночь Лиланд обретет спокойствие причудливого характера: будет петь и танцевать, иногда срываясь на истерический хохот. Считается, что из-за сильного эмоционального потрясения, вроде того, что пережил Лиланд, можно резко растерять пигмент кожи и волос — меланин — и поседеть. Синдром, при котором волосы стремительно белеют, называют синдромом Марии-Антуанетты.
Согласно легенде, перед казнью сверженная королева Франции тоже поседела за ночь. Ей, как и Лиланду, было о чем понервничать. В историях и легендах внезапно поседевшие люди встречаются часто, а на страницах медицинских журналов — редко.
К тому же эти клинические отчеты не всегда точны, а местами больше похожи на выдумки, чем на научные наблюдения. Один из немногих научных обзоров середины XX века едва набрал с полсотни случаев с 1827 года. Авторы исследования посвежее, 2013 года, отмечают, что из 196 случаев, описанных с 1800 года по настоящее время, лишь 44 были подтвержденными — то есть ученые и врачи лично наблюдали быстрое поседение.
В остальных случаях авторы поверили на слово или пациенту, или коллегам. Десятилетиями туман из мифов позволял феномену нервной седины ускользать от исследователей. Но с 2010-х скепсис в отношении клинических случаев прошлого постепенно сменился живым научным интересом и исследованиями нервной седины у мышек в контролируемых лабораторных условиях.
Сейчас мы знаем и про людей, что седина от стресса — не выдумка культуры. Пусть без преувеличений и не обошлось. Как можно поседеть от стресса?
И раз уж это не сказки, чем опасна нервная седина? Седина — это нормально Нормой считается появление седых волос после 30 лет. Как ни крути, если у вас есть волосы, возрастного, то есть физиологического, поседения вам не избежать.
Волосы состоят из двух частей. Снаружи, над поверхностью кожи, виден стержень волоса — тонкая, гибкая нить из неживых, ороговевших эпителиальных клеток, кератиноцитов. Под поверхностью кожи находится корень из живых клеток, которые продолжают делиться.
Корень окружен оболочкой из кожи и соединительной ткани — волосяным фолликулом. У основания волоса корень расширяется, образуя волосяную луковицу. В ней постоянно образуются новые клетки, которые затем ороговевают и склеиваются в волос.
Цвет волосу придают два вида пигмента меланина. Эумеланин — темный пигмент, который отвечает за черный и коричневый цвет волос. Феомеланин — красноватый пигмент.
В зависимости от количества и сочетания типов меланина меняется цвет волос: если много эумеланина, они будут темные; если эумеланина мало — светлые; если эумеланина мало, а феомеланина много — рыжие. Подробнее о том, как баланс этих пигментов влияет на окрас кошек — в материале «Раскрашиваем котика». Меланин синтезируют клетки меланоциты в луковице волоса.
Образуется замкнутый круг, который навел ученых на мысль, что первые организмы хранили генетическую информацию не в виде ДНК, а в виде РНК. РНК содержится в клетке и выполняет в ней разнообразные функции. В то же время было обнаружено, что некоторые РНК, которые получили название "рибозимы", могут выступать в роли белков и ускорять химические реакции.
Ученые обнаружили новые доказательства теории РНК-мира
Структура этих искусственно выведенных рибозимов очень близка к структуре той проторибосомы, которую «вычислили» авторы. Чаще всего постулируется необходимость агрегирующих РНК мембран или размещения РНК на поверхности минералов и в поровом пространстве рыхлых пород. В 1990-е годы А. Четвериным с сотрудниками была показана способность РНК формировать молекулярные колонии на гелях и твёрдых субстратах при создании им условий для репликации. Происходил свободный обмен молекулами, которые при столкновении могли обмениваться участками, что показано экспериментально. Вся совокупность колоний в связи с этим быстро эволюционировала. После возникновения белкового синтеза колонии, умеющие создавать ферменты, развивались успешнее. Ещё более успешными стали колонии, сформировавшие более надёжный механизм хранения информации в ДНК и, наконец, отделившиеся от внешнего мира липидной мембраной, препятствующей рассеиванию своих молекул. Шапиро критикует гипотезу РНК-мира, считая, что вероятность спонтанного возникновения РНК, обладающей каталитическими свойствами, очень низка. Взамен гипотезы «вначале была РНК», он предлагает гипотезу «вначале был метаболизм», то есть возникновение комплексов химических реакций — аналогов метаболических циклов — с участием низкомолекулярных соединений, протекающих внутри компартментов — пространственно ограниченных самопроизвольно образовавшимися мембранами или иными границами раздела фаз — областей.
Эта концепция близка к коацерватной гипотезе абиогенеза, предложенной А. Опариным в 1924 году. Другой гипотезой абиогенного синтеза РНК, призванной решить проблему низкой оценочной вероятности синтеза РНК, является гипотеза мира полиароматических углеводородов, предложенная в 2004 году и предполагающая синтез молекул РНК на основе стека из полиароматических колец. Фактически, обе гипотезы «пре-РНК миров» не отвергают гипотезу мира РНК, а модифицируют её, постулируя первоначальный синтез реплицирующихся макромолекул РНК в первичных метаболических компартментах, либо на поверхности ассоциатов, отодвигая «мир РНК» на вторую стадию абиогенеза. Академик РАН А.
Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили о новых доказательствах в пользу гипотезы РНК-мира Источник фото: Фото редакции В соответствии с данной гипотезой, на Земле первые репликаторы, способные к размножению, были представлены РНК-молекулами, способными самостоятельно катализировать свое воспроизведение без участия белковых ферментов. Недавние исследования позволили ученым выяснить, что рибозим, обладающий способностью расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно вследствие нескольких консервативных оснований, необходимых для обеспечения его функционирования. Долгое время оставался вопрос о том, каким образом это свойство сохранялось в процессе биохимической эволюции. Путем разработки моделей исследователи выяснили, что случайные разрывы в простых молекулах РНК приводили к образованию коротких цепочек, действующих как праймеры для синтеза более длинных полимеров РНК.
Десятки раундов эволюции в этой системе улучшили свойства РНК-полимеразы, существенно сократили время получение полноразмерного продукта. Однако точность синтеза РНК оставалась недостаточно высокой, и лишь незначительная доля молекул лигазы, которые они синтезировали, обладала каталитической активностью. Авторы отмечали, что понадобится более строгий отбор, чтобы получить РНК-полимеразы с высокой точностью, которые смогли бы синтезировать более длинные молекулы. В новой работе Джойс и соавторы получили РНК-полимеразы, способные синтезировать целую молекулу РНК-лигазы с достаточно низким уровнем ошибок. Стратегия эволюции, которая использовалась в эксперименте, аналогична вышеописанной. В этот раз РНК-полимераза синтезировала на матрице РНК-лигазу, а затем подвергалась обратной транскрипции, причем оставалась связанной со своим продуктом. Если РНК-лигаза, которую синтезировал данный вариант РНК-полимеразы, была функциональна, то она сшивала разрыв, и вся конструкция могла быть выделена с помощью бусин со стрептавидином. К сожалению, мы не можем показать эту иллюстрацию, так как статья закрытая. В итоге удалось получить рибозимы, обладающие необходимой — беспрецедентно высокой, подчеркивают авторы — точностью.
В процессе дальнейшей эволюции, как утверждается, и возникла современная белковая жизнь. К сожалению, эта стройная гипотеза имеет свои недостатки. Ее противники указывали на то, что формирование рибонуклеотидов, при полимеризации которых образуется РНК, «традиционным» образом — из остатка фосфорной кислоты, сахара рибозы и азотистого основания — едва ли могло произойти в естественных условиях. Английские исследователи доказали, что синтез рибонуклеотидов можно провести и другим путем, без участия рибозы и оснований. Для осуществления реакции, предложенной учеными, требуются цианамид на схеме обозначен цифрой 4 , цианоацетилен 3 , гликолевый альдегид 7 , глицеральдегид 6 и неорганический фосфат 2 — молекулы, нахождение которых на первобытной Земле оценивается как весьма вероятное.