Основателями биосферы являются – бактерии и археи, вирусы. Основателями биосферы являются – бактерии и археи, вирусы. Бактерии — микроорганизмы, клетки которых не содержат ядра (прокариоты). Мы поговорим ниже о построение дерева эволюции согласно Дарвину, посмотрим на сколько это справедливо и таки я в итоге дам полное дерево (в рамках имеющейся информации) эволюции бактерий на основании самых консервативных генов тРНК. Основателями биосферы являются – бактерии и археи, вирусы.
Настоящее разнообразие жизни: что умеют бактерии
Организмы с хорошим иммунитетом не только выживают, но и изменяют сами вирусы. То есть идет взаимное совершенствование. Одна из важнейших функций микроорганизмов - это связь биосферы и геосферы в обмене веществ: микроорганизмы поставляют из геосферы в биосферу питательные элементы развивающимся многоклеточным организма, а из биосферы в геосферу различные компоненты путем разложения отживших организмов. Это важнейшая функция — осуществление кругооборота веществ в условиях ограниченности веществ параметрами Земли.
Вирусы, наряду с бактериями, участвуют в горизонтальном обмене генов организмов. Сегодня микробиологи используют вирусы для создания генномодифицированных организмов, тем самым признавая фактически вирусы в качестве эволюционного фактора. Таким образом, вирусы можно считать одним из важнейших первичных эволюционных факторов, которые однозначно влияют на генетическую изменчивость, адаптацию и естественный отбор.
Rasnitsyn red. Evolyutsiya i biotsenoticheskie krizisy [The features of prokaryotic evolution. In: Tatarinov L. Evolution and biocenotic crises]. Moscow: Nauka; 1987. Zvyagintsev I. Uspekhi mikrobiologii 1992; 25:3- 27. Krylov I. Na zare zhizni [At the dawn of life].
Moscow: Nauka; 1972. Kusakin O. Filema organicheskogo mira [Phylema of the living things]. Petersburg: Nauka; 1994. Lysenko S. Uspekhi mikrobiologii 1981; 16:231253. Margelis L. Moscow: Mir; 1983. Markov A. Paleontological Journal 2005; 39 2 :109-116.
Oparin A. Moscow: Nauka; 1968. Sergeev V. V knige: Rozanov A. Problemy doantropogennoy evoljutsii biosfery [Cianobacterial communities at early stages of biosphere evolution. In: Rozanov A. The problems of pre-antropogenic evolution of biosphere]. Moscow: Nauka; 1993. Sorokhtin O. Moscow: MGU; 1991.
Teoriya razvitiya Zemli: proiskhozhdenie, evolyutsiya i tragicheskoe budushchee [The theory of Earth development: origin, evolution and tragic future]. Moscow: IKI; 2010. Fox S. Molekulyarnaya evolutsiya i vozniknovenie zhizni [Molecular evolution and the origin of life]. Moscow: Mir; 1975. Yakovlev G. Botanika [Botany]. Petersburg; 2001. The origins of multicellularity. Brasier M.
Precambrian Res. Green, Jephcoat A. Nature 2002; 416 6876 :76-81. Bridgwater D. Microfossil-like objects from the Archaean of Greenland: a cautionary note. Brocks J. Archean molecular fossils and the early rise of eukaryotes. Dolan M. Motility proteins and the origin of the nucleus. Meteorites, Microfossils, and Exobiology.
In: Hoover R. Kellogg C. A, Griffin D. Characterization of aerosolized bacteria and fungi from desert dust events in Mali, West Africa. Aerobiologia 2004; 20: 99-110. Kurr M. Martins Z. Extraterrestrial nucleobases in the Murchison meteorite. Earth Planet. McKay D.
Jr, Thomas-Keprta T.. Vali K. Science 1996; 273 5277 :924-930. Archaean metabolic evolution of microbial mats. Neodymium-142 Evidence for Hadean Mafic Crust. Science 2008; 321 5897 : 1828-1831 33. Rasmussen B. Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria. Nature 2008; 455 7216 :1101-1104. Cosmology 2009; 1:100150.
Вот это то я и назвал — интерпретацией по дарвиновской эволюции. Но специально отмечу, что хотя этим то и должны заниматься все дарвинисты то есть классические таксономисты и филогенетики , они строят деревья используя меры, которые больше сходны для интерпретации «многовидового происхождения», и конечно им тогда сложно говорить о «древности вида» по определению такой интерпретации — как говорилось выше там нет направления эволюции и не может быть. Но оппонент оказался не прав в своей оценке «я думаю, что большой разницы между разными видами не будет» — она есть и существенная, это и будет продемонстрировано далее — достаточно посмотреть полученное дерево эволюции. Метод восстановления направления эволюции Отсюда могут читать те, кто брезглив к пафосному тексту дилетанта, который находится выше.
Чтобы понять требуется прочтение статьи Систематика прокариот — дальние родственники , там описаны основы, которые являются входными данными. Поясняя далее, я предполагаю, что вы разобрались, что означает например такой граф и как он был построен: Теперь нам надо разобраться как его преобразовать в дерево с направленной эволюцией, например такое: В этом дереве мы восстанавливаем предков современных родов бактерий. Современные рода бактерий имеют названия и представлены как листья дерева, в то время как их предки обозначены набором цифр. Каждая цифра — это идентификатор группы тРНК, которой обязан обладать предок, чтобы передать своим потомкам в следующие поколение.
Если бы он не обладал такой группой тРНК, то мы однозначно не смогли бы получить текущие состояние взаимоотношений совпадения идентичных тРНК , которое имеется на графе «многовидового происхождения» выше. Таким образом, алгоритм построения такого дерева состоит из двух частей: 1. Распределение тРНК по группам, так чтобы на всем анализируемом множестве можно было апеллировать только группами без перехода на единичные тРНК — это нужно для двух целей 1 на порядок удобнее иметь дело с группами, чем с большим множеством тРНК. Устраняется дублирующая информация, и группа является минимальной единицей дивергенции.
Вероятность дивергенции разделения большей группы по разным родам выше при меньшем числе предковых дивергенций длины ветви. Собственно построение дерева предков. Далее я опишу только общий принцип реализации эти двух частей. Разделение на группы: 1.
На входе имеется информация вида: 1 10 000913,003420,006818,011215,013800,016316,017374, 2 10 000913,003420,006818,007509,011215,013800,016316,017374, 2 8 000487,003420,005891,006678,011163,013218,007509, она описывает граф «многовидового происхождения», а именно набор связей, где «1» идентификация одного рода, «10» — идентификация второго рода, «000913,003420,006818,011215,013800,016316,017374,» — те тРНК, которые идентичны как в первом, так и во втором роде. Создается первая группа, как набор из всех вообще различных тРНК 3. Происходит распределение по группам, если тРНК на связи между родами относится к группе этот набор заменяется на идентификацию группы, но если вхождение частичное то помечается каких тРНК не хватает, или наоборот какие тРНК, только имеются из этой группы. Разделение группы на две.
Анализируется выше сделанное распределение на группы, берется первое частичное вхождение — создается новая группа, а недостающая часть остается у предшествующей группы. Повторяется пункт 3. Так постепенно, произойдет разделение на группы без частичных вхождений. Группы сортируются по величине 1 — группа это набор скажем 20 тРНК, а уже после 300 группы — вхождение 1-2 тРНК Построение дерева предков: 1.
Так если между родами имеется такая связь 1 10 307 864 867 897 909 911 6 10 307 862 864 867 897 909 911 это означает, что группы 307 864 867 897 909 911 есть и у 1-го рода и у 10-го. Но 862 группа к примеру есть только у 10-го и 6-го, но нет у 1-го.
Бактерии часто формируют многоклеточные скопления, известные как биоплёнки, обмениваясь разнообразными химическими сигналами, за счёт которых их движение становится координированным [133] [134]. Формирование многоклеточных скоплений даёт бактериям ряд преимуществ: в них наблюдаются разделение труда между клетками и появление различных функциональных типов клеток, питательные вещества усваиваются более эффективно, обеспечивается более надёжная защита от естественных врагов. Например, бактерии в составе биоплёнок в 500 раз более устойчивы к антибиотикам, чем одиночные планктонные клетки того же вида [134]. Координированное поведение клеток одного и того же вида бактерий часто осуществляется за счёт особых химических веществ. На основе локальной концентрации этих веществ бактерия определяет плотность клеток-сородичей вокруг себя чувство кворума. За счёт чувства кворума бактерии могут координировать экспрессию генов и начинают выделять и улавливать аутоиндукторы [en] или феромоны , концентрация которых повышается по мере роста популяции [135]. Основная статья: Систематика бактерий Филогенетическое древо, построенное на основании анализа рРНК , показывает разделение бактерий, архей и эукариот Бактерий можно классифицировать на основе строения клетки, метаболизма, а также различий в химическом составе клеток наличия или отсутствия некоторых жирных кислот , пигментов , антигенов, хинонов [97].
В то время как перечисленные характеристики подходят для выделения штаммов, непонятно, можно ли их использовать для разделения видов бактерий. Дело в том, что у большинства бактерий нет отличительных структур, а из-за широко распространённого горизонтального переноса генов родственные виды могут сильно отличаться по морфологии и метаболизму [136]. В связи с этим в настоящее время современная классификация базируется на молекулярной филогенетике. К числу её методов относят определение GC-состава генома, гибридизация геномов, а также секвенирование генов, которые не подверглись интенсивному горизонтальному переносу, такие как гены рРНК [137]. Релевантная классификация бактерий публикуется «Международным журналом систематической бактериологии» англ. International Journal of Systematic Bacteriology [138] и руководством по систематической бактериологии Берджи англ. Международный комитет систематики прокариот [en] англ. International Committee on Systematics of Prokaryotes регулирует международные правила именования таксонов бактерий и определение их рангов согласно правилам Международного кодекса номенклатуры прокариот [en] англ. International Code of Nomenclature of Prokaryotes [139].
Термин «бактерии» традиционно применяли по отношению к микроскопическим одноклеточным прокариотам. Однако данные молекулярной филогенетики свидетельствуют о том, что в действительности прокариоты подразделяются на два независимых домена, которые первоначально получили названия эубактерии лат. Eubacteria и архебактерии лат. Archaebacteria , но в настоящее время называются бактерии и археи [15]. Эти два домена, наряду с доменом эукариоты, составляют основу трёхдоменной системы , которая является наиболее популярной системой классификации живых организмов [140]. Археи и эукариоты состоят в более близком родстве, чем каждый из этих доменов к бактериям. Впрочем, высказывается мнение, что археи и эукариоты произошли от грамположительных бактерий [141]. Поскольку количество отсеквенированных последовательностей бактериальных геномов очень быстро растёт, классификация бактерий постоянно меняется [3] [142]. В медицине идентификация бактерий имеет огромное значение, поскольку от неё зависит схема лечения.
По этой причине ещё до эры молекулярной биологии учёные активно разрабатывали методы, позволяющие быстро идентифицировать патогенные бактерии. В 1884 году Ганс Кристиан Грам предложил метод дифференциального окрашивания бактерий на основе строения их клеточной стенки [62]. При окрашивании по Граму грамположительные бактерии с толстым слоем пептидогликана имеют фиолетовый цвет, а грамотрицательные бактерии с тонким слоем пептидогликана окрашены в розовый. Комбинируя окрашивание по Граму и морфотипы , выделяют четыре основные группы бактерий: грамположительные кокки, грамположительные бациллы, грамотрицательные кокки, грамотрицательные бациллы. Однако для идентификации некоторых бактерий больше подходят другие методы окрашивания. Например, микобактерии и бактерии рода Nocardia не обесцвечиваются кислотами [en] после окрашивания по Цилю — Нильсену [143]. Некоторых бактерий можно идентифицировать по их росту на специфических средах и при помощи других методов, например, серологии [144]. Методы культивирования бактерий [en] разработаны так, чтобы способствовать росту определённых бактерий, но подавлять рост других бактерий из того же образца. Часто эти методы разрабатываются специально для определённых образцов, откуда берутся микробы.
Происхождение, эволюция, место бактерий в развитии жизни на Земле
После Дарвина Тиндаль ставил опыты по самозарождению, Томас Гексли высказывал идеи о живой протоплазме. После Гексли в течение полувека интерес к этой проблеме был невелик. Успех в одной области знаний сдерживал дальнейшее развитие в другой. В 1924 году Алекс. Опарин, советский биохимик, опубликовал брошюру, в которой говорилось « …вещества с большими, сложными частицами очень склонны давать коллоидные растворы в воде. Рано или поздно, но такие коллоидные растворы органических веществ должны были возникнув в первичной водной оболочке Земли, и раз возникнув, они оставались существовать, усложняя и увеличивая свою молекулу всё дальше и дальше… и …. Развиваясь и совершенствуясь дальше, они дали, наконец, те формы организмов, которые мы наблюдаем и в настоящее время». Существует обширная литература по вопросам накопления растворов органических веществ, которое сопровождалось образованием структур, напоминающих клетки.
Однако такое перепрыгивание от морфологического сходства к функциональному весьма опасно, особенно, если речь идёт об объектах, возраст которых несколько миллиардов лет. Экспериментально Опарин и его сотрудники получили коацерватные капли из большого количества различных биологических веществ. Коацерваты - мельчайшие коллоидные частицы, обладающие осмотическим свойствами. Благодаря проницаемости стенок происходит селективное проникновение молекул из окружающей среды внутрь системы и обратно. Своеобразная модель «протоклеток». Изменчивость структур коацерватов, легкость их возникновения и способность концентрироваться в слабых растворах, возможно позволили им играть исключительную роль в доклеточной эволюции. Согласно другому учёному Фоксу, возможным путём возникновения на Земле первых клеток было образование микросфер — маленьких твёрдых шариков, полученных из протеиноидов.
По форме и размерам эти микросферы часто сравнивают с бактериями. Таким образом, все предположения относительно того, каким образом могли возникнуть первые структуры, подобные клеткам, являются весьма спорными. В этой области, лежащей на стыке химии и биологии, проводилось много исследований, но получено мало чётких результатов. Примитивные организмы, возникшие в первичных океанах Земли, были анаэробными и, вероятнее всего, гетеротрофными; океаны в изобилии поставляли им пищу, и первым микроорганизмам оставалось лишь пожирать её. Но с течением времени мощные потоки солнечной энергии уже не могли достигнуть близких к поверхности океана нижних слоёв земной атмосферы мешал озон. Дальнейший синтез органических соединений стал невозможен. Наступила пора голодания, и тут-то, по-видимому, началась борьба не на жизнь, а на смерть.
Считается, что в основании дерева находится универсальный предшественник, являющийся общим предком всех живых форм, существующих на Земле. Было показано, что многие гены являются общими для всех трех доменов, что предполагает существование интенсивного горизонтального переноса генов на ранних этапах развития жизни. Таким образом, гены, кодирующие такие основные клеточные функции, как транскрипция и трансляция, по-видимому, свободно перемещались по популяциям простейших организмов. Этим предположением объясняется, почему во всех клетках, независимо от их принадлежности к тому или иному домену, присутствует много общих генов. По мере роста и развития каждой линии, некоторые биологические свойства утрачиваются, а другие приобретаются. Это обусловливает присутствие специфического набора генетического материала в каждой линии клеток. В универсальном дереве жизни домен Бактерий подразделяется по меньшей мере на 10 основных групп.
Однако это число, вероятно, занижено, поскольку познание мира микробов ограничивается нашими возможностями культивировать штаммы in vitro, и лишь небольшая часть всего их многообразия может быть выращена в лабораторных условиях. Как показывают филогенетические данные, некоторые группы в пределах домена Бактерий включают организмы, у которых отсутствуют четкие фенотипические черты родства. Например, царство Протеобактерий содержит организмы, характеризующиеся смешанными физиологическими чертами, напоминающими черты, характерные почти для всех известных прокариот. Второй прокариотический домен составляют Археи, состоящие из трех основных типов: Кренархеот, Эвриархиот и Корархеот. Физиологически бактерии и археи легко дифференцируются по наличию у бактерий или отсутствию у археев клеточной стенки, содержащей пептидогликан. Представители домена Эукариот в составе своей клеточной стенки также не содержат пептидогликан.
Несмотря на внушительный возраст вопроса, подобные исследования не только не потеряли актуальности, но перешли на качественно новый уровень [1]. Эволюционная значимость и физиологическая роль фенотипических признаков меняется со временем.
Оперируя большими эволюционными периодами, сложно связать генотип, фенотип и приспособленность организма. Особенно трудно это сделать для многоклеточных организмов из-за огромного числа фенотипических признаков. У микроорганизмов же всё немного проще. Фенотипическим признаком, например, можно считать способность или неспособность расти на тех или иных источниках углерода. Конечно, это не единственный класс фенотипических признаков микроорганизмов, однако такой метаболический «портрет» всегда определяет стиль жизни микробов и вносит весомый вклад в их общую приспособленность. Сейчас для исследования метаболических предпочтений бактерий совсем не обязательно выращивать их в лаборатории на всевозможных субстратах. Имея только геномные данные, можно довольно точно предсказать метаболический фенотип микроорганизма исключительно in silico. Так, для более чем 300 филогенетически очень разнообразных видов бактерий недавно построили полные модели метаболизма , опираясь только на последовательности геномов [2].
Для каждого вида определили спектр углеродных субстратов из 62 возможных , которые он может использовать для синтеза биомассы или производства АТФ — двух основных метаболических целей бактерий. На данный момент это, пожалуй, самое масштабное исследование фенотипической эволюции микроорганизмов и фенотипической эволюции вообще. Что же мы теперь знаем? Теории и практики фенотипической эволюции Для начала условимся понимать под фенотипической эволюцией уменьшение внешнего сходства с увеличением генетического расстояния при расхождении дивергенции видов. Анализ реконструированных метаболических фенотипов более чем 300 видов бактерий говорит о том, что долговременная фенотипическая эволюция бактерий протекает в две стадии рис. Первые 50 миллионов лет пара видов бактерий очень быстро теряет фенотипическое сходство. Примечательно, что на втором этапе за единицу времени меняется примерно одно и то же число фенотипических признаков. Такая скорость сохраняется миллиарды лет.
Рисунок 1.
В клетках эукариот тоже присутствуют плазмиды, они располагаются в самовоспроизводящихся органеллах клетки — митохондриях и пластидах. Впячивания клеточной мембраны или мезосомы — это внутрицитоплазматические мембранные структуры бактерий, выполняющие функции органоидов, характерных для клеток эукариот.
Предполагают, что они участвуют в образовании клеточных перегородок и репликации ДНК нуклеоидов. На поверхности мембран мезосом находятся ферменты, участвующие в процессе дыхания. Над клеточной стенкой у многих бактерий расположена слизистая капсула, предназначенная для дополнительной защиты бактерии от внешних воздействий.
Бактерии размножаются простым делением надвое. После редупликации кольцевой ДНК клетка удлиняется и в ней образуется поперечная перегородка. В дальнейшем дочерние клетки расходятся или остаются связанными в группы.
Вирусы как эволюционный фактор
Как перемещаются бактерии? №1. Каких химических эллементов больше всего в живом организме? №2. Что указывает на почему молекула воды является диполем. 9 классы. какими организмами являются бактерии с точки зрения эволюции. Одним из основных отличий клетки бактерий от клетки эукариот является отсутствие ядерной мембраны и, строго говоря, отсутствие вообще внутрицитоплазматических мембран, не являющихся производными ЦПМ. Вокруг прямого проводника с током (смотри рисунок) существует магнитное поле. определи направление линий этого магнитного поля в точках a и внимание, что точки a и b находятся с разных сторон от проводника (точка a — снизу, а точка b — сверху).
какими организмами являются бактерии с точки зрения эволюции
ответ на этот и другие вопросы получите онлайн на сайте Главной причиной необъяснимости случайного возникновения клетки теорией эволюции является «неупрощаемая комплексность» клетки. В целом клетка бактерии устроена достаточно просто. Однако бактерии размножаются посредством бинарного деления, которое является формой бесполого размножения, что означает, что дочерняя клетка и родительская клетка генетически идентичны. Некоторые бактерии, выращиваемые в лаборатории, получили способность использовать цитрат как энергетический ресурс. Бактерии (греч. bakterion — палочка) — царство прокариотных (безъядерных) микроорганизмов, чаще всего одноклеточных или колониальных.
Бактерии (5–7 кл.)
Сервис вопросов и ответов по учебе для школьников и студентов Студворк №1009166. Микоплазмы являются отдельным классом микроорганизмов, отличающимся как от вирусов, так и от бактерий. Поскольку «эволюция бактерий» часто доказывается именно указанием на их способность приспосабливаться к воздействию антибиотиков, то в ряде исследований биологи проверили древних бактерий именно на устойчивость к этим самым антибиотикам. Бактерии часто являются симбионтами и паразитами растений и животных.
Бактерии эволюционировали в лаборатории?
В процессе эксперимента прослежены генетические изменения, происходившие в 12 популяциях E. Целью эксперимента был поиск ответа на некоторые важные вопросы эволюционной биологии: Каким образом меняется во времени скорость эволюционных изменений; Какова повторяемость эволюционных изменений для различных популяций, существующих в одинаковой среде; Каково соотношение эволюции на генотипическом и фенотипическом уровнях. Слайд 4 Методика эксперимента В начале эксперимента были созданы 12 популяций исходного штамма.
В состоянии споры бактерии очень устойчивы к изменениям температуры, механическим и химическим факторам.
При изменении условий среды на благоприятные, бактерии покидают спору и приступают к размножению. Энергетический обмен бактерий Бактерии получают энергию за счет окисления веществ. Существуют аэробные бактерии, живущие в воздушной среде, и анаэробные бактерии, которые могут жить только в условиях отсутствия кислорода.
К аэробным бактериям относят многочисленных редуцентов, которые разлагают органические вещества мертвых растений и животных. Анаэробные бактерии составляют микрофлору нашего кишечника - бескислородную среду обитания. Получают энергию бактерии путем хемо- или фотосинтеза.
Среди хемосинтезирующих бактерий можно встретить нитрифицирующие бактерии, железобактерии, серобактерии. Важно заметить, что клубеньковые бактерии азотфиксирующие не осуществляют хемосинтез: клубеньковые бактерии относятся к гетеротрофам. Среди фотосинтезирующих бактерий особое место принадлежит цианобактериями сине-зеленым водорослям.
Благодаря им сотни миллионов лет назад возник кислород, а с ним и озоновый слой: появилась жизнь на поверхность земли и аэробный тип дыхания поглощение кислорода , которым мы сейчас с вами пользуемся : Что касается бактерий гетеротрофов, то их способ питания основан на разложении останков животных и растений - сапротрофы редуценты , либо же они питаются органами и тканями животных и растений - паразиты. Биотехнология Бактерии широко применяются в направлении биотехнологии - генной инженерии. Их используют для получения различных химических веществ белков.
В ДНК бактерии вставляют нужный ген к примеру, ген, кодирующий белковый гормон - инсулин , бактерия принимает новый участок гена за свой собственный, в результате чего начинает синтезировать белок с данного участка. На рибосомах подобных бактерий синтезируется инсулин, который человек собирает, обрабатывает и использует как лекарство.
Каждый день 0,1 мл содержимого каждой пробирки переносилось в пробирку с 10 мл свежей питательной среды, где размножение бактерий продолжалось. В эксперименте использовалась линия E. Таким образом, круг исследуемых явлений ограничивался вновь возникшими мутациями.
От их количества и химического состава зависит характер и интенсивность микробиологических процессов в почве. Аммонифицирующие бактерии, многие актиномицеты, микроскопические грибы и другие микроорганизмы обусловливают минерализацию органического вещества в почве и высвобождение доступного растениям аммонийного азота.
Нитрифицирующие бактерии превращают аммонийный азот в нитриты и нитраты. Значительна по составу и количеству микрофлора, использующая минеральный азот и превращающая его в органические формы процесс иммобилизации. Денитрифицирующие бактерии предопределяют невозвратимые потери газообразного азота. Такие виды, как Azotobacter az. Следовательно, трансформация азота самым тесным образом связана с почвенной микрофлорой, от деятельности которой зависит азотный режим почвы, т. Микроорганизмы осуществляют круговорот веществ в почве, влияя на минерализацию органических остатков и превращая нерастворимые формы в доступные для растений соединения.
Вирусы как эволюционный фактор
* * * Бактерии являются самыми древними организмами, появившимися около 3,5 млрд. лет назад в архее. Найди верный ответ на вопрос«Какими организмами являются бактерии с точки зрения эволюции » по предмету Биология, а если ответа нет или никто не дал верного ответа, то воспользуйся поиском и попробуй найти ответ среди похожих вопросов. Найдите правильный ответ на вопрос«Какими организмами являются бактерии с точки зрения эволюции » по предмету Биология, а если вы сомневаетесь в правильности ответов или ответ отсутствует. объясните,почему,корнем уравнения 2(x-7)=2x-14 является хоть какое число.
Роль бактерий в эволюции жизни на Земле
И дам пояснение о методе построения такого дерева. Таксономия Будучи дилетантом я всегда недоумевал по одному поводу — как можно классифицировать и систематизировать организмы, когда нет информации о ДНК, когда штаммы организмов еще не секвенированы? И пожалуйста Справочник Берджи только в последнем издании начал учитывать информацию о генах. А до этого учитывал только структурные и функциональные особенности бактерий. Я уже не говорю о тех биологах-консерваторах, которые заявляют на полном серьезе, что таксономия должна строится не только на основании геномного сравнения, но и на основании морфологических и физиологических данных. И это то в генный век мы должны возвращаться во времена К. А ведь при отсутствии более авторитетного издания, чем справочник Берджи, биоинформационные базы по таксономии, такие как в NCBI , хоть и являются более полными и иногда имеют ссылки на секвенированные штаммы — принцип построения такого дерева — это просто перепост справочника Берджи. Скажите не так… ок, найти отличие можно легко. Но вы никогда не поймете почему дерево именно такое какое оно есть.
К тому или иному виду конечно приписано, кто дал такое имя таксону, и если повезет будет статья, и еще если сильно повезет в статье мельком будет описано почему этот таксон поместили так или иначе в систематике. Дальше если взять отдельные статьи по построению филогенетических деревьев — в них в лучшем случае рассматривается очень небольшое число видов, и строятся деревья совершенно не прозрачными методами и достаточно не большие. Проблема дилетанта Существует много профессионалов, которые пытаются представить дело так, что проблема дилетанта — это его недообученность и недоосведомленность. Это отчасти так, но только отчасти. Дилетанты занимаются не своим делом, потому что имея свою профессию — они также интересуются вещами другими и думают, в какой еще сфере они могут применять свои знания. И когда они видят примерно такое состояние как я описал выше для таксономии — они приходят в некоторое замешательство. Они берут самый наивный метод, так как им нужен результат, а не повод для написания статьи и строят дерево эволюции. Дальше профессионалы начинают возмущаться как же так — они занимаются этим профессионально, а результатов то нет… гранты не все использованы.
Хотя можно взять и одному человеку все это построить без особых сложностей и не забивая голову методами, в которых введена сложность ради самой сложности. И вот так получается результат у дилетанта. Его можно обсуждать, но его можно обсуждать серьезно только тогда, когда у профессионалов будет хоть что-то сравнимое и столь же прозрачное. И вот теперь мы к этому перейдем. Многовидовое происхождение и прочие глупости Кто читал мои предшествующие статьи знает, что на эту тему я уже писал начиная со статьи Интересные результаты о эволюционной систематике прокариот или «многовидовое происхождение» , и не так давно дал более полные результаты в статье Систематика прокариот — дальние родственники. Здесь я хотел бы рассказать как менялось мое мировоззрение по мере продвижения этого исследования. Вначале в статье показывалось, что на основании одного вида тРНК, который переносил аланин можно найти устойчивую связь между разными видами, родами и т. Были и некоторые исключения, но их было сравнительно мало.
Эту мысль мои критики почти не заметили тогда видимо списав на горизонтальный перенос — хотя сильно уж постоянным были связи мама-папа , но отметили что делать выводы на основании одного гена как то не серьезно.
Одна из таких мутуалистических ассоциаций, известная как межвидовая передача водорода, формируется между кластерами анаэробных бактерий, которые поглощают органические кислоты , такие как масляная и пропионовая кислоты , и выделяют водород, и метаногенными археями, которые используют водород. Бактерии из этой ассоциации не могут поглощать органические кислоты сами по себе, так как в ходе этой реакции образуется водород, накапливающийся вокруг. Только благодаря метаногенным археям концентрация водорода поддерживается достаточно низкой, чтобы позволить бактериям расти [161]. Многие бактерии являются симбионтами людей и других организмов.
У человека от бактерий полностью свободны только кровь и лимфа [162]. Например, более тысячи видов бактерий, входящих в состав нормальной кишечной микрофлоры человека, участвуют в работе иммунитета, синтезируют витамины например, фолиевую кислоту , витамин K и биотин , превращают сахара в молочную кислоту , а также сбраживают сложные неперевариваемые углеводы [163] [164] [165]. Кроме того, кишечная микрофлора подавляет размножение патогенных организмов за счёт конкурентного исключения. Полезные микроорганизмы кишечной микрофлоры часто продают в виде пробиотических пищевых добавок [166]. Бактерии вступают в сложные мутуалистические отношения с самыми разными животными.
Например, в мезохиле [en] губок обитает множество бактерий, причём все исследованные к настоящему времени виды губок имеют симбиотические ассоциации с одним или более видами бактериальных симбионтов [167] [168] [169] [170]. Многие моллюски имеют особые светящиеся органы, которые светятся благодаря обитающим в них бактериям. Бактерии получают надёжную защиту и благоприятные условия для питания, а моллюскам свечение помогает в привлечении полового партнёра [171]. Асцидии вступают в симбиотические отношения с цианобактериями рода Prochloron [en] , который фиксирует CO2, а животное обеспечивает ему защищённое местообитание [172]. У жвачных животных в сложно устроенном желудочно-кишечном тракте обитает множество микроорганизмов, благодаря которым животные могут питаться почти что безбелковой пищей.
Разрушать целлюлозу способны лишь некоторые бактерии, в результате деятельности которых образуются органические кислоты муравьиная , уксусная , пропионовая , масляная , которые и усваиваются животными. Выделяющиеся углекислый газ и водород обитающие тут же метаногены превращают в метан. В одной из секций сложного желудка жвачных, рубце , обитают не только бактерии, разрушающие целлюлозу, но также бактерии, расщепляющие крахмал , пектин , полисахариды и пептиды , сбраживающие разнообразные сахара , спирты , аминокислоты и жирные кислоты [173]. Целлюлозоразрушающие бактерии также населяют заднюю кишку термитов , образуя ацетат , который и усваивается насекомым [174]. В почве бактерии, входящие в состав ризосферы , осуществляют фиксацию азота, превращая его в различные азотсодержащие соединения [175].
Они являются единственной усваиваемой формой азота для многих растений, которые сами не могут фиксировать азот. Множество бактерий обнаруживается на поверхности и внутри семян [176]. Патогены[ править править код ] Раскрашенное изображение клеток Salmonella typhimurium красные в культуре клеток человека, полученное с помощью сканирующей электронной микроскопии Бактерии, паразитирующие на других организмах, называют патогенами. Патогенные бактерии являются причиной множества человеческих смертей и вызывают такие инфекции, как столбняк , брюшной тиф , дифтерия , сифилис , холера , пищевые отравления , проказа и туберкулёз. Патоген, вызывающий заболевание, может быть описан много лет спустя после описания самой болезни, как, например, произошло с Helicobacter pylori и язвенной болезнью желудка.
Бактерии ответственны за многие болезни культурных растений бактериозы , в числе которых пятнистость листьев [177] , ожог плодовых культур и увядание. Бактериальную основу имеют такие заболевания домашнего скота , как паратуберкулёз , мастит , сальмонеллёз и сибирская язва [178] [179]. Каждый патоген характеризуется особыми взаимодействиями с организмом хозяина. Некоторые возбудители, такие как виды родов Staphylococcus и Streptococcus, вызывают кожные инфекции, пневмонию, менингит и даже сепсис , системный воспалительный ответ, переходящий в шок , массивную вазодилатацию сосудов и заканчивающийся смертью [180]. При этом те же самые микроорганизмы входят в состав нормальной микрофлоры человека и зачастую обитают на коже и внутри полости носа , не вызывая никакого заболевания.
Другие бактерии всегда вызывают болезнь, например, риккетсии , которые являются облигатными внутриклеточными паразитами и могут размножаться только внутри клеток организма-хозяина. Один вид риккетсий вызывает сыпной тиф , другой является возбудителем пятнистой лихорадки Скалистых гор. Другой род облигатных внутриклеточных паразитов, Chlamydia , включает возбудителей пневмонии, инфекций мочевыводящих путей и коронарной недостаточности [181]. Некоторые бактерии, такие как Pseudomonas aeruginosa , Burkholderia cenocepacia [en] и Mycobacterium avium , являются оппортунистическими патогенами и вызывают заболевания преимущественно у людей, страдающих от иммунодефицита или муковисцидоза [182] [183]. Бактериальные инфекции можно лечить антибиотиками, в числе которых выделяют бактерицидные препараты, которые убивают бактерии, и бактериостатики [en] , только подавляющие их рост.
Строение бактерий Бактерии имеют клеточную стенку, состоящую из муреина пептидогликана и выполняющую защитную функцию. У бактерий прокариот, доядерных отсутствуют мембранные органоиды. В их клетке можно найти только немембранные: рибосомы, жгутики, пили. Пили - поверхностные структуры, которые служат для прикрепления бактерии к субстрату. Наследственный материал находится прямо в цитоплазме не в ядре, как у эукариот в виде нуклеоида. Нуклеоид лат.
Долгое время выделяли "особый органоид" бактерий - мезосомы, считали, что они могут участвовать в некоторых клеточных процессах. Спешу сообщить, что на данный момент установлено однозначно: мезосомы это складки цитоплазматический мембраны, образующиеся только лишь при подготовке бактерий к электронной микроскопии это артефакты, в живой бактерии их нет. При наступлении неблагоприятных для жизни условий бактерии образуют защитную оболочку - спору. При образовании споры клетка частично теряет воду, уменьшаясь при этом в объеме. В таком состоянии бактерии могут сохраняться тысячи лет! В состоянии споры бактерии очень устойчивы к изменениям температуры, механическим и химическим факторам.
При изменении условий среды на благоприятные, бактерии покидают спору и приступают к размножению. Энергетический обмен бактерий Бактерии получают энергию за счет окисления веществ. Существуют аэробные бактерии, живущие в воздушной среде, и анаэробные бактерии, которые могут жить только в условиях отсутствия кислорода.
Key words: the origin of the bacteria, prokaryotic biosphere oxidizing atmosphere, eukaryotic cells. Прокариоты бактерии - древнейшие из известных организмов. Из образца воздуха, взятого с высоты 41 км, выделены бактерии, идентичные видам, живущим на Земле, хотя неизвестно, как они там оказались [43]. Ежегодно из континента на континент через атмосферу переносится 1018 живых бактерий [27]. Однако проблема происхождения бактерий: когда, каким образом и в каких условиях они появились на Земле, окончательно не решена.
На сегодня существует две принципиально разные точки зрения. Сторонники химической предбиотической эволюции считают, что Жизнь возникла непосредственно на Земле из косной материи в результате абиогенного синтеза органиче- ских соединений. Возможность такого синтеза подтверждает присутствие в космосе цианистого водорода, формальдегида, муравьиной кислоты, метилового и этилового спиртов и др. На первом этапе на Земле образовались простые органические соединения, при их усложнении - разные биополимеры, многомолекулярные коацерваты и надмолекулярные микросферы. Позднее появилась протоклетка и, наконец, прокариоты - ближайшие предки всех ныне живущих организмов [11, 13, 18, 46]. Концепция химической эволюции поддерживается вескими аргументами, включая экспериментальные. Правда, она не дает ответа на вопросы: что же представляла собою протоклетка, какие химические реакции вынудили атомы сформировать сложную систему взаимодействующих молекул, каким образом произошел качественный скачок от неживого к живому и др. Представители альтернативной версии гипотеза панспермии склоняются к тому, что бактерии были занесены на Землю из космоса под давлением солнечных лучей, с астероидами и, в первую очередь, углистыми метеоритами, богатыми различными органическими веществами.
Обратим внимание, что панспермия не затрагивает появления жизни как таковой, а лишь указывает на происхождения земной жизни. Тем не менее, в течение ХХ века одни ученые ее принимали, другие критиковали и опровергали. Сторонником панспермии был мыслитель и геохимик В. Вернадский 1863 -1945 , противником - биолог и биохимик А. Опарин 1894-1980. С развитием астробиологии, биохимии и молекулярной палеонтологии, эффективным исследованием различных метеоритов, упавших на Землю в разное время в различных местах, интерес к ней продолжает возрастать рис. А В Рис. Сканирующая электронная микроскопия: А - гипотетические бактерии в метеорите АЬН 84001 скан-микрофото Rhawn, Schild ; Б - фрагмент метеорита Оргэй, на котором видны микрофоссилии колоний нитчатых бактерий сканмикрофото R.
Hoover ; В - кокковидные и нитчатые цианобактерии и грибы из метеорита Ефре-мовка сканмикрофото А. В марсианском метеорите АЬН 84001, упавшем в Антарктиде 13 тыс. McKay et а1. Одновременно идентифицировали полиароматические гидрокарбонаты, которые появляются при распаде мертвых микроорганизмов, кристаллы карбонатов, сульфидов и микрочастицы магнетита, содержащиеся у бактерий и животных. Как и следовало ожидать, сообщение было воспринято неоднозначно. По мнению оппонентов, артефакты не являются окаменевшими бактериями, поскольку в малом объёме не могут разместиться Б молекулы ДНК и РНК. Hoover [26] выявил множество структур, расцененных как цианобактерии. Эти работы перепроверила независимая группа палеонтологов, руководимых А.
Розановым, и подтвердила подлинность выводов [3, 14]. Кроме того, в матрице метеорита Murchison, разбившегося в Австралии в 1969 году, они констатировали присутствие не только микроструктур, похожих на современных цианобактерий рода Gloe-capsa - вместе с ними просматривались нитчатые формы, сходные с низшими грибами, сохранившие даже детали своего клетчатого строения. Кокковидные и нитчатые морфотипы содержались также в метеорите Ефремовка, найденном в 1962 году в Казахстане [14]. Проанализировав все приведенные факты, А. Роза-нов предположил, что бактерии и низшие грибы существуют за пределами Земли, хотя его мнение разделяют не все специалисты. Внутри метеорита Murchison многими исследователями распознаны аланин, валин, сар-козин, глютаминовая кислота, большое количество глицина и жирные кислоты, часть которых встречается А в лунном грунте. Из этого сообщения вытекает важное следствие - распространенные в космосе аминокислоты и нуклеиновые основания могли привноситься на Землю, где индуцировали формирование генетического кода с последующим переходом к ДНК- РНК- белковой жизни. На основании многочисленных исследований J.
Несмотря на наличие в метеоритах органических веществ, аналогичных таковым на Земле, и структур, удивительно схожих с земными бактериями, отдельные российские и зарубежные специалисты их не воспринимают. Они аргументируют свое несогласие тем, что на Земле известны абиогенные процессы, порождающие такие бактериеподобные конструкции. В Г Рис. Сканирующая электронная микроскопия: А - микрофоссилии в кремнистом сланце сканмикрофото Л. Маргелис ; Б - микрофоссилия в некоторых фациях сканмикрофото Л. Маргелис ; В - остатки древнейших архейских бактерий из Южной Африки сканмикрофото J. Б Время заселения Земли прокариотами, то есть, регистрация следов жизни, определено в древних породах с помощью палеонтологических и геологических данных. По концепции О.
Сорохтина и соавт. Однако спустя 600 млн лет в архее около 4-2,6 млрд лет тому началась дифференцировка земного вещества, вызвавшая формирование железного ядра, силикатной мантии и земной коры. С началом же дегазации мантии, в атмосферу, ранее состоящую из инертных и благородных газов, начал поступать водяной пар, углерод, азот, сероводород, аммиак, серный и другие газы, образовавшие горячую восстановительную углекислотно-азотно-метановую атмосферу. Именно в мелких лагунах и гидротермах 3,5 млрд лет тому распространились первые земляне - прокариотные сообщества [8, 15, 16, 17, 40]. Некоторые авторы временем их появления называют 3,8 млрд лет [1, 2], но находки окаменевших бактерий в кварцитах данного возраста формации Исуа, Гренландия вызывают сомнения [21, 22, 23]. Об огромном эволюционном шаге в начале архея свидетельствуют такие формы жизни рис. Отметим, что диагностика ископаемых бактерий является не простой задачей. С одной стороны, они редко выявляются, часто разрушены или похожие на одноклеточные грибы, эукариоты и кристаллы.
С другой стороны, требуется точная датировка места их пребывания. Все указанные выше наземные биомаркеры обнаружены рис. Сорохтин и соавт. Они имели различную морфологию, могли восстанавливать углекислый газ и серу, окислять водород, выделять сероводород и метан и, не образуя кислород, создавать из неорганических веществ органические. Иначе, выполняли роль первичных продуцентов в аноксигенных экологических нишах. По мнению Г. Заварзина [4] и С. Woese [46] в дальнейшем архебактерии эволюционировали самостоятельно.
Сравнение архейских микроструктур со структурами, которые формируют современные цианобактерии, позволяет рассматривать древних прокариотов как дифференцированное, морфологически разнообразное сообщество, в котором 2,2-2 млрд лет назад доминировали цианобактерии Nostocales, Chroococcales, OscШatoriales и пр. С появлением первых бактерий с генофором в виде кольцевой молекулы ДНК на Земле установилась прокариотная биосфера продолжительностью 1 млрд лет [4, 6]. Используя в качестве источника энергии солнечный свет, фотосинтетики, включая цианобактерии, из воды и углекислоты синтезировали органическое вещество и выделяли в атмосферу молекулярный кислород. Сначала он связывался с неокисленными компонентами литосферы - железом и другими металлами, поэтому биосфера оставалась преимущественно анаэробной. Примерно 2 млрд лет назад в ней быстро увеличилась концентрация кислорода и образовалась кислородная атмосфера, что привело к появлению ок-сибактерий. Изменение среды обитания жизнедеятельностью прокариот обеспечило переход от геохимического к биогеохимическому круговороту веществ. При этом ведущим стал цикл органического углерода, которого было много и, главное, способного создавать миллионы растворимых в воде органических соединений. С ним были сопряжены циклы кислорода, азота, фосфора, серы и железа [4, 5].